O AHMC possui ainda diversas coleções de índole muito variada, quer quanto ao assunto, quer quanto à tipologia documental que apresenta. Desde manuscritos de carácter literário a registo de bens e de propriedades particulares e da Igreja, a diários contabilísticos e processos de carácter judicial entre a Câmara e particulares, de tudo se encontra.

Destacamos a coleção das cartas originais dos Reis, das cartas e ordens à Câmara, das cartas originais dos Infantes; as Crónicas e, ainda, a coleção das Doações.

A coleção Doações, que como o próprio nome indicia, provém da oferta de particulares, que com esse gesto pretenderam salvaguardar documentação que, direta ou indiretamente, se ligava à memória da cidade.