Além dos conjuntos documentais referentes aos fundos de origem concelhia importantes para a história local e regional, o Arquivo possui diversas coleções. As mais valiosas são as de Pergaminhos, Fragmentos de Pergaminhos.

Destacam-se a Coleção de Pergaminhos Avulsos do Arquivo Histórico Municipal de Coimbra; os Pergaminhos da Inquisição de Coimbra; os Pergaminhos de Elvas e os Fragmentos de Pergaminhos Franceses, Musicais e Latinos.

Pode consultar o catálogo dos Pergaminhos e Fragmentos de Pergaminhos aqui.